NAUTIKA KAPAL NIAGA
Kompetensi/Jurusan Nautika Kapal Niaga, Lulusannya Menjadi Perwira Profesional Kapal Niaga dengan jenjang karir Menjadi Mualim/ Captain/Master diatas Kapal. Kompetensi Nautika Kapal Niaga SMK Pelayaran Malahayati fokus pada pengembangan keterampilan teknis dan pengetahuan mendalam pada operasi kapal niaga, Kompetensi program yang dirancang untuk membekali Taruna-Taruni untuk menjadi profesional yang terampil di Industri Maritim.Pada saat lulus Taruna dan Taruni akan memperoleh Ijasah SMK dan Sertifikat Ahli Nautika Tingkat IV (ANT.IV)
TEKNIKA KAPAL NIAGA
Kompetensi/Jurusan Teknika Kapal Niaga Lulusannya Menjadi Perwira Profesional Kapal Niaga dengan jenjang karir Menjadi Masinis/ KKM/Kepala Kamar Mesin. Kompetensi Teknika Kapal Niaga di SMK Pelayaran Malahayati mempelajari secara mendalam mengenai mesin-mesin yang mengoperasikan kapal serta seluruh komponen yang terkait. Dengan fasilitas yang lengkap dan kurikulum yang terstruktur, Taruna-Taruni diajarkan untuk memahami dan mengelola mesin-mesin kapal. Dengan kompetensi yang diperoleh dalam berbagai aspek Teknika Kapal Niaga kami dipersiapkan untuk menghadapi tantangan dunia kerja yang dinamis. Pada saat lulus, Taruna dan Taruni akan memperoleh Ijazah SMK dan Sertifikat Ahli Teknika Tingkat IV (ATT-IV)
MANAJEMEN LOGISTIK
Kompetensi/Jurusan Manajemen Logistik Lulusannya Menjadi siap Menjadi Profesional di Bidang Logistik, Transportasi, Ekspedisi dan Kepelabuhan yang banyak dibutuhkan didunia kerja.